史密斯需要一個人負責這個計畫；他認為最棒的人選，是一個名叫湯姆．漢恩（Tom Hahn）的工程師。漢恩是影像處理專家，和之前很多電腦圖像工程師一樣，曾表示想在皮克斯工作。雇用漢恩有些尷尬，因為皮克斯得把他從迪克．舒普那裡挖來，而舒普是史密斯的老朋友。12年前，舒普在全錄帕羅奧托研究中心工作，帶領史密斯走進電腦圖像世界；後來舒普離開全錄，創立自己的公司。失去這麼棒的人才，舒普當然很苦惱，但在皮克斯面前，他實在無能為力。皮克斯出身於盧卡斯電影，身上還是罩著那層光環。史密斯回憶道：「來自盧卡斯電影的皮克斯──這個名號實在讓人難以視而不見。」

漢恩和他手下的小團隊所開發的系統，以皮克斯影像電腦為核心，會先掃瞄動畫角色的鉛筆稿，上色，接著合成其他掃描進來的背景和圖層，最後再把完成的畫面錄進電影膠捲。系統首次測試是《小美人魚》（1989年）的一個鏡頭──結尾時，「川頓國王」向「愛麗兒」和她的新郎揮手道別。迪士尼對成品非常滿意，立刻決定從《救難小英雄澳洲歷險記》（1990年）開始，所有的動畫電影都改用CAPS；這個決定讓皮克斯都覺得有些意外，不過迪士尼怕觀眾會認為電腦將因此降低影片的手工質感，所以堅持這項改革得祕密進行。

事實正好相反；CAPS讓迪士尼電影的圖像豐富程度，可以追上、甚至是超過自己在1930和1940年黃金時代的水準。最顯著的不同之處在於，電影製作師現在擁有更大的自由度，設定顏色時，再也不必受制於賽璐珞片。傳統的製作方式，是把很多層賽璐珞片疊在攝影機前，每層畫著不同的角色、或是同個角色的不同身體部位（正在動的身體部位通常放在上層，抽換比較容易）。問題在於，空白的賽璐珞片並非完全透明，會改變壓在下層賽璐珞片上的顏色；即使賽璐珞片上用了同一種顏色，放在中層時，顏色濃淡還是會與上層或下層不同。

因此，電影裡的每一種顏色──例如角色皮膚的顏色──都必須依照賽璐珞片的位置調整濃淡，一旦肢體或是角色移到其他層，顏色也得隨之改變。一部長片電影可能會用到多達40萬張賽璐珞片，調整顏色是極為沉重的負擔。此外，在實務上，動畫師只能用5層左右的賽璐珞片，因為太多層賽璐珞片，會讓低層的顏色偏差到無法修正。

CAPS解除了這些限制，大幅減少著色所需的人力（變成用電腦著色），也讓藝術家有無限多層的賽璐珞可供使用。CAPS也可以使用數位特效，讓過去費工的鏡頭垂手可得。多層式場景現在可以完全透過電腦完成，想創造景深的幻覺，再也不需要巨大又耗工的多層式攝影機。《小美人魚》的製作成本，只夠製作3個使用多層式場景的鏡頭；而5年後的《獅子王》，有數百個這種鏡頭。

迪士尼決定保守這個祕密，讓許多皮克斯的員工感到挫折──他們來自研究界，而在研究界裡，聲望和名氣比金錢還有價值。史密斯回憶道：「我們不斷要求（迪士尼）公開。」幾年後迪士尼終於鬆口，CAPS讓兩家員工共同獲得1991年的奧斯卡科學工程獎。

CAPS計畫最立即的效果，就是刺激皮克斯的硬體業務；迪士尼為使用CAPS，買下數十台皮克斯影像電腦，成為皮克斯的最大客戶。長期來看，CAPS是皮克斯和迪士尼合作關係的開端；CAPS不但提早完成，表現還超出迪士尼預期。CAPS計畫是第一片拼圖，等到幾年後皮克斯準備好製作電影時，這些拼圖都會成為皮克斯的籌碼。

不過，這份合約完全無法讓公司轉虧為盈；皮克斯影像電腦經歷初期成功後，銷售數字一直讓人很失望。1987年，皮克斯開始設計低成本的皮克斯影像電腦2號，減少其性能擴充的空間。賈伯斯要求把外殼交由哈特姆．艾斯林格（Hartmut Esslinger）的青蛙設計（frog design，公司名稱的f與d均為小寫）負責；其設計費用高達6位數字，讓卡特莫爾和史密斯非常苦惱。青蛙設計公司之前替蘋果2號C型以及黑色的NeXT Cube做過設計，賈伯斯非常喜歡這間公司。卡特莫爾和史密斯也希望能有好的設計，但這筆費用對營運困難的公司來說，實在太過奢侈。最後，外殼仍然以拉薩特原本的凸方凹圓設計為主。

皮克斯在1988年初推出這台機器，外型光滑簡潔，訂價29,500美元，原型機種的價格也降至49,000美元；硬體銷售卻依然低迷。皮克斯創造了高科技結晶，但在這個世界似乎乏人問津。

1987年，在設計新電腦同時，負責皮克斯影像電腦軟體的工程師，生物物理學博士派特．漢拉漢（Pat Hanrahan）相信，皮克斯真正有價值的資產，應該是演算繪圖程式「雷耶斯」（Reyes）。這套軟體已經出到第4版，在製作《安德烈與威利》以及《頑皮跳跳燈》時證明了自己的能力。他開始四處找尋讓Reyes成為產品的機會……。