一一九二年,源賴朝從朝廷取得征夷大將軍稱號,武士貴族專權自此始。日本正式進入了武士階層掌握政權的幕府政治時期。在這個時期內,以天皇為首的貴族政權的朝廷仍舊在京都存在著,以將軍為首的武士政權——幕府與朝廷同時並存,將軍名義上由天皇任命,實際上卻是掌握實權的最高統治者。
江戶幕府:戰國時代的終結
一六○三年,德川家康被任命為征夷大將軍,在江戶開設幕府,至第三代將軍德川家光時,幕府機構大體完備。幕府領地約佔全國土地四分之一,其餘由大名領有,稱藩國。將軍是全國最高統治者,控制朝廷、大名與外交;幕府在直轄領地設郡代或代官,通過測地、村年貢承包制、五人組制等,直接控制農民。
大名是各藩國的統治者,擁有領地的行政、司法和年貢徵收權等。幕府設巡見使及被稱為目付的監察官監督各藩國,並採取大名參覲交代和大名改易等辦法控制大名,但各藩國仍具有相對獨立性。因此形成在德川將軍控制下的各藩國分割統治的政治體制。
十七世紀末,由於商品經濟發展,幕藩體制出現危機,農民起義頻繁。一八五四年日本開國後,民族危機又加劇了封建制危機。薩摩、長州等西南強藩,在改革派下級武士推動下,逐漸採取與幕府不同的政策,殖民興業,抵抗外敵。一八六七年在倒幕運動壓力下,第十五代將軍德川慶喜被迫宣布「奉還大政」。一八六七年十二月倒幕派發動「王政復古」政變,宣布廢除幕府制度。新成立的明治天皇政府發動戊辰戰爭,徹底打倒幕府勢力。至此,日本的幕府政治結束。