此外，與忽視決策過程中財政考量因素類似的問題，是對於中華帝國晚期軍事結構與軍事在地方政府角色的忽視。長期以來，中國研究者常滿足於將中國軍力視為廣泛分散的籠統描述。然而帝國內部軍事建置的分布狀況其實非常不平均（見附錄D）。因此忽視清朝軍力是個嚴重的錯誤：其經費消耗中華帝國晚期近半稅收，並透過榨取稅收及經費開支，對其集中地區產生實質性的經濟衝擊。做為一處尚未完全開發的邊疆，臺灣缺乏受過儒家教育的地方知識分子來協助收稅及控制等工作，清廷因此需要同時投入大量軍力及許多官員來統治此一戰略邊陲（參見第七章）。

在致力於建立並維持強制性武力優勢的同時，國家組織也必須因應政經環境的變遷而調整。然而國家並非只是消極地適應，它們也對環境進行轉化。傳統政治經濟學認為，國家藉由榨取及擴充稅收，及確定財產權利等手段，成為能夠有效改造社會的經濟行動者。政治經濟學做為一個研究領域，應研究經濟與人口的循環，如何獨立於行政與朝代更迭並與其相互影響。而傳統政治經濟學應可理解到在許多歷史時期裡，國家掠奪策略與毀滅模式的變化，常較生產模式的變遷來得更為重要。因此政治經濟學做為歷史與社會研究的一種學術取向，便同時拒斥經濟決定論和脫離社會因素的政治與文化史。本書關於治理政策與政治經濟核心議題的比較研究，將可豐富臺灣及清朝晚期的研究成果。

歷史舞臺與其主要行動者

原住民臺灣在十六世紀前的孤立（非絕對性），以及中國史籍關於臺灣紀錄的稀少，至今仍令人費解。臺灣距離福建僅相隔100海里，雖然直到唐代，福建才被納入中國版圖，過去千年來商人們仍從福建港口出發，遠赴東南亞、琉球群島及日本進行廣泛的海洋貿易活動。然而臺灣卻很少在早期中國文獻中被提及，而考古與民族學資料亦指出這些貿易航路均繞過臺灣而行。有些學者將臺灣的孤立，歸因於臺灣海峽的危險海流。但漁民、海盜商人乃至中國水師，卻時常克服此一障礙。距離臺灣西部海岸僅約25海里的澎湖群島，在十三世紀之後首先被中國漁民斷斷續續占領。許文雄便曾指出宋代航海技術的進步，使得中國人更容易來到澎湖和臺灣。