那大瘧疾是發生於公元一八八五年九月中旬。除逝世前患咽喉癌症之外，那次的瘧疾是他所患的諸病症中最嚴重的一次。因清法戰爭開始，馬偕就不眠不休以致病倒，一時失去知覺，體溫一直高達四十八度。一切藥物均不能使他安眠。當他的復原已沒有希望時，恰巧「海龍號」自香港到淡水的約翰．陶德先生帶冰過去。主治醫師向約翰．陶德懇求將全部的冰用來冷敷馬偕發高燒的頭。之後，馬偕隨即安睡了三十六小時之久。冰用盡了，馬偕醒過來時，病勢痊癒了大半。
 
最後，公元一九○○年六月十日，馬偕自咽喉異常病倒起，之後未能康復，至公元一九○一年六月二日下午五點逝世，在病榻中約一年，實可同情。可是他本人是不怕死的，雖在病榻中還工作著，到壽命終了為止。
 
脾氣壞，心仁愛
 
據郭水龍牧師的隨筆，馬偕的脾氣壞。他說：「馬偕脾氣很壞，神學生如有不合宜的事情，當面大聲指責。」大概馬偕的脾氣壞，由筆者的研究，可以承認這是事實。因為他的好友麥唐納博士，即《臺灣遙寄》的編輯說：「依偕叡理自己所想的，甚至依據最愛他的人的評斷，他不是完全的人，他有自己的能與不能，也有弱點。」
 
如果我們看他每天早晨先到理學堂大書院打校鐘提醒學生上課，我們可以想像他對神學生的課程是非常嚴格的，所以稍有不合宜的事情發生，即大聲責罵。他的兒子偕叡廉牧師說，他的父親再三、再四對他說：「人當正義和真實。」又說：「不可食言。」可見他是個嚴父，加上他非常的忙碌，因此，他容易發脾氣。
 
他的二女婿柯維思先生說：「有一次，管伙食的值班不在。我和同室的高年級學生陳英於飯後把碗筷收拾在抽屜，被先生（筆者註：馬偕）看見，他把碗筷都丟出去教室外面。當時我是新生，不知道校風，因此哭泣了。」