氣候、地形、礦產以及土著的經濟慣習，全都在驅使中國移民採納特定時刻雲南本地的也就是土著的經濟結構與模式。元、明、清政府引入並移植中國式農業生產體制時，卻受到雲南當地氣候與地形的挑戰。「男耕女織」這一理想式的中國方式，在雲南很多地方難以實施。一位明代學者指出，滇民「知農而不知桑」。即便是在那些氣候適合養蠶的區域，地方官們呼籲人民養蠶常常難以奏效。舉例而言，即便到十九世紀末期，鶴慶府地區的女性並不紡織，這項地方傳統因此被視為嚴重的經濟與文化缺點。

由於礦產資源豐富，許多漢人移民在雲南從事礦業與貿易。儘管雲南農民的人數確實遠高過礦工，但礦工在當地所占的人口比例絕對高於中國本部許多。雲南是中華帝國晚期的主要礦產區；採礦業的蓬勃事實上促成了雲南的城鎮化。而這樣的城鎮化模式鮮少發生在中國本部。

雲南原有的地方貨幣制度也形塑了中華帝國的貨幣體系。在元代，紙鈔被指定為全中國的官方通用貨幣，這是元朝的重大經濟措施之一，也是首次由帝國政府所支持的紙幣體制。然而，該制度最後以失敗告終。紙幣在雲南的流通情況也許是全國最糟的，因為雲南使用海貝作為貨幣已經有好幾百年的光景。因此，國家所推行的紙幣並不被土著社會所接受，顯然阻礙了元代行政體系之運作。賽典赤．贍思丁注意到此事，允許雲南繼續沿用貝幣。結果，貝幣不只被允許繼續為民間貿易與其他經濟活動所使用，而且還被官方接受，用來繳稅。到了明代，明王朝在雲南繼續沿用貝幣。在整個元、明時期，貝幣，而不是中國的銅錢，是雲南的主要流通貨幣。貝幣這一經濟習俗生動地證明了邊疆社會如何迫使中央征服不得不加以妥協。

地方市場也能證明土著社會的影響。土著居民有定期貿易或趕集的習慣。漢人移民立刻參與了雲南的本地集市，雖然後者在許多方面與中國本部有別。一般而且，定期集市白天聚集，但是在喜洲（大理）地區，集市卻是在夜晚進行。此外，雲南本地也有獨特的節慶日，同時也是各地商人聚集開市的日子。大理在每年三月十五日和二十日之間會有「觀音市」，很多商人會前來買賣，政府也會動用差役與士兵來維持治安，保護商業。