日本厚生勞動省在2006年5月底開始實施Positive List制度。而所謂的Positive List制度則是從生鮮食品到加工食品，以所有的食品為對象，制訂其農藥、動物用醫藥品、飼料添加物的殘留容許量標準值，殘留數值超出標準的話，基本上就會禁止販售的制度。此制度中，將指定標準值的農藥等化學藥劑從原本的283項增加至約800項，而未列於項目中的化學物質，其殘留容許量標準值則一律設定為0.01ppm以下。然而就算如此，在現況中對於農藥殘留的問題，卻一點都沒減少。農藥殘留會對人體產生致癌性、基因毒性、致畸胎性（無法生出正常的孩童）等的問題影響。
 
蔬菜中的硝酸鹽問題──化學肥料使用過度造成殘留
 
過度使用化學肥料，以及大氧層中的氮氧化物增加等的原因，使得含有高濃度硝酸鹽的蔬菜（特別是葉菜類）變多了。硝酸鹽會隨著口中的唾液、常溫保存、加熱等動作轉變為亞硝酸鹽，進入體內之後，會再與二級胺類（多含魚貝類中的成分）產生反映，轉化為致癌性物質－亞硝胺，這就是硝酸鹽問題的所在之處。而有機栽培的蔬菜，硝酸鹽含量則較少。
 
抗菌性物質的問題──合成抗菌劑․抗生素的殘留
 
所謂的抗菌性物質是指合成抗菌劑與抗生素。牛․豬․雞，及魚類都被指出有被汙染的問題。
 
1留於牛․豬․雞的問題
 
將其作為添加物混入飼料、或直接注射等，會產生殘留在肉與內臟等處的問題。
 
2殘留於魚類的問題
 
由於密集養殖魚隻，為了預防且治療魚類的疾病，將其混入飼料中，導致殘留於魚隻體內的問題。
 
抗菌性物質對人體會產生健康上的損害，有導致過敏與使藥劑耐性菌繁殖的問題存在。
 
在日本，過去曾要求食品的抗菌性物質殘留值必須是零，但卻因來自外國的施壓，從1997年10月開始，制訂了包含荷爾蒙劑在內11項動物用醫藥品的殘留容許量標準值。因此，食安的問題可說是更加嚴重了。在2007年，從中國產的浦燒鰻魚檢驗出超過殘留容許量的抗菌性物質，引起一大食安問題。
 
女性荷爾蒙的問題──荷爾蒙的殘留
 
養畜業者為了讓公牛的肉與母牛的吃起來一樣柔軟，便在公牛耳根處的皮下埋入女性荷爾蒙劑。而荷爾蒙劑則有殘留於肉中的問題。