1. 敦煌本
敦煌本是現存最早的《壇經》版本，由於下署「兼受無相戒弘法弟子法海集記」，故而又稱「法海本」。郭朋認為：「比較起來，法海本壇經，基本上確可以說是惠能語錄。敦煌寫本是《壇經》版本中的主要系統之一，存世的敦煌寫本共有六種：旅順博物館藏敦煌寫經本殘片（旅本）；敦煌史坦因本（史本）；北京圖書館藏敦煌寫本（北本）；敦煌縣博物館本（敦博本）；方廣錩發現北京圖書館藏敦煌寫本殘片（方本）；西夏文寫本殘片（西夏本）。

2. 惠昕本
惠昕本分上下兩卷共十一門，約一萬四千餘字。該本大約改變於晚唐或宋初，胡適稱之為「是人間第二最古的《壇經》」，由於它最早發現於日本京都興聖寺，又稱「興聖寺本」。興聖寺的惠昕本題為「六祖壇經」，從前面的「依真小師邑州羅秀山惠進禪院沙門惠昕述」的署名可知此本的編者為晚唐（或說宋初）的惠昕和尚，並且他說明了在編纂時對《壇經》有所削刪。

3. 契嵩本
全稱《六祖大師法寶壇經曹溪原本》，約成書於宋仁宗至和三年（一○五六），一卷計十品，約兩萬餘字，由宋代高僧契嵩改編。現存的是明代的本子，故也稱「明藏本」或「曹溪原本」，從宋代工部侍郎郎簡所作的〈六祖壇經序〉中的記載，我們知道這已經不是契嵩改編的那個本子了，為了指稱明確，與其他的明藏本區別開來，我們仍約定俗成地稱之為「契嵩本」。序中也介紹了這個本子是契嵩辛辛苦苦覓來的如實記載六祖大師言論的古本，後由工部侍郎郎簡出資模印。

4. 德異本和曹溪原本
這兩個本子基本上是源出於契嵩本，德異本題名為「六祖大師法寶壇經」，也是一卷十品，從序言中推斷刊行於元至元二十七年（一二九○）。其編撰緣起為：在元代末年，僧人德異聲稱自己發現了《壇經》古本並著手刊印。楊曾文說：「從明代開始，被稱為『曹溪古本』的，也就是德異本。而德異本，很可能就是契嵩本。」即德異從通上人處得到的「古本」，很有可能是真正的契嵩改編本，假如德異在改編時沒再增刪，那麼這個德異本可能就是契嵩本。

5. 宗寶本
宗寶本幾乎是明代以後唯一的流行本，從內容上看，也是屬於契嵩改編本這個系統，全本一卷十品，共計約兩萬多字。約成於元世祖至元二十八年（一二九一），為元代光孝寺僧人宗寶改編，宗寶將三種《壇經》版本合校，編訂了一個新的版本，題名為「六祖大師法寶壇經」，編撰者宗寶在跋文中聲明他對《壇經》錯訛之處進行了改正，簡略之處進行了增補，還明確提到附加了惠能與弟子的問答。根據校對可以看出，宗寶對《壇經》的改動主要在：首先，將古本中四個字的章節名稱改為兩個字；其次，將古本第一章分為兩章，將第九章、第十章合併為一章，在有些章節內，也有部分移動、分割的現象。還有就是對正文有所增加和刪減。這些改動當然引起了一些反對和批評，更由於它是明以後最流行的版本，具有不可取代的地位，故而引來的抨擊更加強烈。但是我們認為由於宗寶所改編的本子具有品目齊整、語言流暢、通俗易懂、文學色彩濃、可讀性強等優點而導致後來流行天下，這對《壇經》深入人心和社會推廣都起到了莫大的功效，現在已經成為我們普遍認可的《壇經》版本了，本著尊重歷史發展的態度，我們認為宗寶本的學術價值是巨大的。

比較這幾個不同的《壇經》版本，我們可以看到，隨著時間順序的推近，《壇經》的字數不斷在增加，從唐代的法海本有一萬二千字左右到北宋的契嵩本和元代的宗寶本的二萬以上的字數，時間越晚，字數越多，這說明了《壇經》在其發展流布中，被惠能門人和惠能後學不斷添加增改，最終得以形成現在的面貌。這一點在惠昕和宗寶的序言中都有所交代，其實早在惠能去世後不久，就有修改或竄改《壇經》的現象出現。我們認為歷代的竄改這一史實是確鑿無疑的，但是，惠能門人及惠能後學出於對禪宗發展的推動、對禪宗南宗地位提升的需要，對《壇經》進行的增改，在今天看來都是合乎情理的，是歷史的必然。它們已經成為禪宗禪學不可缺少的組成部分，值得我們今天去學習和研究。

另外，關於《壇經》的注疏，歷來很多。比較重要的有契嵩的《法寶壇經贊》、天柱的《註法寶壇經海水一滴》五卷、袁宏道的《法寶壇經節錄》、李贄的《六祖法寶壇經解》、亘璇的《法寶壇經要解》、益淳的《法寶壇經肯窾》五卷、青巒的《法寶壇經講義》一卷、丁福保的《六祖法寶壇經箋註》一冊等。