全臺首學

如同明末以降的台灣史是一部加加減減的歷史進程，台南孔廟從1665年草創以來，經過歷代主政者的加加減減，形成今日的格局。

明鄭時期諮議參軍陳永華深知單是開墾屯田不足以永續經營，他向鄭經提議建立聖廟國學，開辦儒學講堂，並以科舉選拔人才，因而在今台南以左學右廟的形制，創建台灣第一座孔子廟和學堂。

1684年清朝在台灣設立一府三縣（台灣府設於台南），明鄭時期的國學變成台灣府學，亦即全台最高學府，故稱為「全臺首學」。

清朝康熙提倡儒學，地方官大規模整建台南孔廟。大成殿、崇聖祠、文昌閣、東大成坊和禮門、義路等皆完成於康熙年間。廟學形制逐漸擴大，並在大成殿中懸掛第一面聖匾─康熙御書「萬世師表」。

乾隆年間，增建西大成坊和泮宮坊，是台南孔廟形制最大的時期。但在嘉慶、同治年間，廟舍因地震受損。