因為腳部朝下，胸部就有膨脹肺的空間，走路時也能有效的呼吸。三疊紀中期出現的恐龍剛開始呈四腳站立姿勢，不久後便進化成兩腳站立行走，轉變為使用橫隔膜的強力呼吸系統。

氧濃度的變化也為呼吸系統帶來極大的變化。心臟形態分成三室心臟和四室心臟。主要的兩棲類和爬蟲類都為三室心臟，主要的鳥類和哺乳類具有四室心臟。四室的話，靜脈血和動脈血不會混合，運送氧到血液的能力較高。三室漸進為四室，一般認為是一種為促進動物血壓上升，或是保持高代謝活性的進化。

其次再考慮到肺的構造。鶴可以飛越標高8000公尺的喜馬拉雅山脈。具有這種能力，是因為鳥類具有一種呼吸系統叫「氣囊」。氣囊是袋狀的氣管，連接肺的前後，鳥類的呼吸就是靠氣囊的膨脹、收縮，來進行肺內空氣的吸放。

相對的，哺乳類動物的肺，是肺自己膨脹、收縮來吸氣和排氣。但這種方式無法完全排出肺中交換完畢殘餘的空氣，舊空氣沒排完便吸入新空氣，所以空氣的交換率並不好。鳥的氣囊系統卻可完全吸放空氣，空氣交換效率比哺乳類高。鶴能飛越喜馬拉雅山應歸功於這種氣囊系統。

恐龍是鳥類的祖先，而從脊椎化石的構造中發現，其中龍盤類也具有氣囊系統。事實上，在氧濃度急遽降低的二疊紀後期到三疊紀前期，部分恐龍的祖先很有可能已獲得四室心臟和氣囊系統。

三疊紀因盤古大陸分裂，水岸變多，棲息場所的選擇也增加，因此生物的多樣化更加活躍。但是三疊紀到侏羅紀的界線時，發生了五大滅絕之一。這次大滅絕的原因出在三疊紀末氧濃度降到最低（12%）。攜帶氣囊系統的恐龍（龍盤類）克服了這段低氧時代，變得更多樣化，因而能在侏羅紀開枝散葉。