參、抗日戰爭與學校的顛沛及戰場軍醫收編
 
1937年學校授命遷抵廣州後，遂與廣東軍醫學校合併上課，廣東軍醫學校旋改為軍醫學校廣州分校。其校舍寬敞，以兩校人才教材匯合，教學實驗足資應付裕如。原有德籍教授受其軸心政府召回，遂延聘留德留美具有醫學博士學位數員，各就專長任教，弦歌不輟，教授陣容益形增強。時日寇航空母艦及艦隊麕集大鵬灣沿海地帶，粵港受其威脅，於施教之同時，飭由工程人員日夜趕工，完成防空洞設備。時因抗戰軍興，醫科第二十五期及藥科第十九期提前三個月於是年八月於南京畢業。
 
1938年時敵機頻來襲擊，警報數分鐘即臨粵垣上空，全體官員生兵集體入防空洞避難，一俟警報解除，及在洞之附近空地授課或夜間補足之。至示範實習科目則照常舉行，未受影響。處此艱困，咸無間言，蓋同仇敵愾之精神使然。同年四月，西南戰區戰事益繁，日寇至惠州登陸，學校籌備內遷，奉准先遷廣西。經派員前站擇定桂林、陽朔及大墟三地，乃由水運經梧州轉桂林。因船隻充裕，所有人員物資全部撤出，遂以大墟為校本部及醫科駐地，以桂林為藥科駐地。時軍醫預備圍併入本校系統下，以陽朔為該圍之駐地(軍醫預備圍之概況另述)。高年級學生經洽准廣西省立柳州醫院實習。駐桂歷八閱月，因駐地分散，房舍以各地會館廟宇權作教室，白晝以神座或露天為講堂，夜間則以為寢室，實驗室則搭蘆蓬為之，以木箱木板為實驗台，雖艱苦萬分，然教學未輟，教學器材大部無法容納，多未動用，校政措施亦無展布，教學授課只憑書本黑板為之，然師生施教求學之精神未曾懈怠。
 
中央軍醫學校原在南京市內，佔地甚小，除兩層樓房外，僅有兩排平房，且周圍盡是民房，無可發展，陸軍醫院雖較寬敞，有病床百張左右，然醫療設備亦簡單，殊難與廣州軍醫學校及廣州陸軍總醫院相媲美。那時以廣州軍醫學校之寬敞校舍及基礎醫學大樓容納南京本校員生約一百餘人綽有餘裕，尤其兩校合併使用自然更感充實。本來兩校設備各有長短，在基礎科學方面，南京校以生理學和生物化學的設備較好；粵校以解剖和病理見長。兩校的細菌學設備都不差，此種情形，要視各部門有無專任人員主持及主持人之努力如何而定，當然其經濟情形如何亦有關係，在那時粵校之經濟情形當較南京校為優，故粵校雖然僅成立三年，但其成績亦較京校為優。