在本書《征服者與眾神》的序言中，作者首先從吉朋在《羅馬帝國衰亡史》一書主張成吉思汗與歐洲哲學的寬容觀和新興國家美國的宗教自由之間的關聯開始談起，並且梳理了由法國學者佛朗索瓦‧佩帝‧德拉克魯瓦（François Pétis de la Croix）於一七一○年初版的《古代蒙古人和韃靼人的第一個皇帝成吉思汗大帝的歷史》（The History of Genghizcan the Great, First Emperor of the Ancient Moguls and Tartars）一書在北美十三州殖民地的流通與閱讀史。他發現美國獨立革命先賢之一的湯瑪斯‧傑佛遜（Thomas Jefferson）曾經受該書中提到成吉思汗將宗教自由形諸法律的影響，以及維吉尼亞成文法與美國憲法第一修正條款中對與成吉思汗的第一道法律在強調宗教自由的精神上的相似性。導論〈神的憤怒〉則說明成吉思汗自認為是上天派來懲罰穆斯林的人，因為穆斯林犯了過錯。自成吉思汗以降的蒙古大汗都深信上天透過祂所授予權力的那些人表達祂的意旨。而蒙古人的勝利和興盛正是他們得到天佑的證明。而成吉思汗晚年在阿富汗聆聽各宗教人士的說法，這種對神的追尋則必須要從他早年歲月的成長過程開始談起。
 
其後的正文分為四大部分，第一部分「成為鐵木真」強調了蒙古境內的「神山」不兒罕合勒敦山在成為成吉思汗以前的鐵木真生命中的重要地位。蒙古人信仰長生天，而不兒罕合勒敦山則是讓成吉思汗最接近天的地方。在自己氏族和部落不願保護鐵木真時，不兒罕合勒敦山保護了他，而從他母親訶額倫和老獵人札兒赤兀歹那兒，他學到尊敬這座山，並視它為世界中心與生命源頭。而來自不兒罕合勒敦山的札兒赤兀歹更是鐵木真名義上和行為上的精神導師，幫他指出人生的正道。也因此，成吉思汗要求之後世世代代的蒙古人都要崇拜不兒罕合勒敦山。
 
第二部分「成為成吉思汗」則討論鐵木真在統一蒙古諸部後登基為成吉思汗，建立大蒙古國後。反對派以其父好友蒙力克之子闊闊出‧帖卜騰格理為核心集結起來，成為成吉思汗的最大對手。闊闊出是一名薩滿，他自稱能跟神靈感應，勢力漸強，並教唆成吉思汗對付有可能篡位的弟弟合撒兒與帖木格。但後來成吉思汗聽從妻子孛兒帖之建議，除掉闊闊出。但是此舉也開了一個血腥的先例，即蒙古可汗頭一次殺掉自稱權力高於國家或可汗的宗教領袖。