然大量大陸青年學僧的到來，圓光寺無法如數安頓，在法師與妙果和尚協調後，僅留十人於寺中，其餘皆隨法師浪跡各地，後得新竹靈隱寺住持無上法師收容，棲身寺中並得無上法師同意，辦佛學院讓僧眾得以續習研法。然卻遇舉報匪諜，因此慈航法師師生皆被拘捕調查，後被孫清揚、李子寬等居士四處奔走保釋。出獄後，慈航法師於臺北弘法，白天在法華寺講〈普門品〉、十普寺講《地藏經》，晚上則開示唯識與因明之學。因時局劇變，僧人受辱，來臺學僧散居各地，慈航法師為覓一永久居所以安僧慧命，在四處尋找之際，汐止靜修禪院住持達心法師尼與玄光法師尼，感動法師之義舉，發心在汐止秀峰山建造彌勒內院，禮請法師住持並持續講學，終使大陸學僧得到安身之地。

法師講學內容包括《楞嚴經》、《法華經》、《華嚴經》、《成唯識論》及《大乘起信論》等諸經論，平日信徒求法請益，無論人數或身分，每問必答，使得彌勒內院成為當時最具影響力的佛學教育中心。

一九五二年起法師第三次閉法華關，預計三年為期，然一九五四年五月六日於關房中安詳示寂，享壽六十年，其示寂前囑大眾以坐缸安葬，大眾遵囑五年後開缸，見其全身完好，面目如生前無異，成就肉身菩薩，消息震動全台宗教界，隨後裝金供養於彌勒內院慈航堂中，信眾供香不絶。

著述與傳人

慈航法師一生奔走海內外弘揚佛法，所到之處勤於講學，興辦佛學院、佛學會，組織慈善文化教育活動，亦努力撰寫文章於報刊，以教化世人。法師圓寂後，弟子信眾將其著作，以「慈航法師永久紀念會」整理印行，名為《慈航法師全集》內容共分五篇：《相宗十講》、《大乘起信論講話》、《十二門論講話》、《成唯識論講話》、《菩提心影》等，共一百三十餘萬言。

當時來臺依止法師的大陸學僧不少，在教難後於臺灣得安心學習與弘法，後皆成為臺灣佛教之法門龍象。這些學僧包括了中、自立（乘如）、唯慈（日照）、幻生、淨海、妙峰、能果、果宗、印海、宏慈、戒視、嚴持、浩霖、清霖、以德、寬裕、常證、清月、真華等諸位法師，後來皆在臺灣內外各地一方弘法，成就了漢傳中國佛教在臺灣的興起與發展。而達心比丘尼與玄光比丘尼，更是不遺餘力支持法師，在法師落難時挺身護持，為其安排處所，以避政府治安人員的搜查，為其建彌勒內院以安學僧，傾力護持，可說是女中豪傑。