英國倫敦市隆巴德街的伍諾斯聖馬利亞教堂裡有一塊大理石板，上頭寫著某人的墓誌銘，是他生前自己寫的。墓誌銘寫道：
 
約翰．紐頓，牧師。曾是不信者，生活荒誕不經，在非洲擔任奴隸主，因著救主耶穌基督的豐盛憐憫而悔改、蒙赦免，並蒙召傳講過去致力詆毀的福音，在白金漢郡的俄尼服事近十六年，後於本教堂服事二十八年。
 
約翰．紐頓1725 年生於英國瓦平，是家中的獨子。父親老約翰．紐頓曾在西班牙一所耶穌會學院受培訓，後來擔任一艘地中海商船的船長多年。母親伊莉莎白．紐頓原姓席特克里夫，是很虔誠的基督徒，參加的教會由約翰．簡寧斯博士照管。簡寧斯博士於1715 年創立奇布沃斯改革宗學院，後來成為神學教育中心，學生眾多。這群自稱「改革宗」的人都是非英國國教徒1。
 
紐頓如此回憶他母親：「她身體孱弱，喜愛寧靜生活，由於我是獨子，她便將養育我當成唯一的志業和樂趣，讓我在主的呵護與訓誡中長大。母親告訴我，她從我出生便抱定主意將我獻給神。」
 
伊莉莎白確實體弱多病，但她從約翰三歲起便扛起教育兒子的責任，以改革宗的神學理念在屬靈上訓練他。約翰不到三歲就被她教著識字，四歲就能讀「一般」書籍。紐頓說：「我四歲便能像現在一樣讀書識字，只有難字還看不懂，並能覆誦《西敏教義簡答》的問答、瓦特博士的小本《教義問答》和《兒童聖詩》。」伊莉莎白1732 年7 月11 日死於肺結核，當時約翰還不滿七歲。威爾許說她「來不及見到應許實現便懷著信心而逝」。
 
伊莉莎白過世時，小約翰的父親還很年輕，是一艘地中海商船的船長。他隔年返家不久便再婚娶了埃塞克斯郡艾弗利市一名畜牧大亨的女兒為妻。約翰雖然得到妥善的照顧，但繼母並未如他母親一般給他屬靈的指引。他在新家和其他小孩（據他形容是一群「輕率又褻瀆」的孩子）玩在一起，很快便有樣學樣，於是父親將他送到埃塞克斯郡的一所寄宿學校。但那裡的校長非常嚴苛，差點將紐頓對學習和書本的熱情消磨一空。紐頓日後回顧這段年少歲月，寫到他和父親的關係時說：