曾文水庫越域引水工程計畫在2009年八八風災重創南台灣後引起相當大的關注與爭論。工程施工區附近的居民指稱工程自2004年開工後對當地生態造成顯著的負面影響,在地環保團體認為越域引水工程與高雄縣甲仙鄉小林村滅村災難之間有多項疑點並懷疑工程就是滅村元兇。然而,經濟部水利署則認為是短時間內豪大雨釀成災害。事實上早在2004年環保團體即將曾文水庫荖濃溪越域引水工程計畫列為「十大不永續建設與施政政策」(環境資訊中心,2004)。在工程發包前,來自高雄縣荖濃溪流域的布農族人,持著「維護自然生態、尊重環境正義」、「反對曾文水庫越域引水」、「誓死捍衛原住民生存權」等抗議布條到經濟部陳情抗議。抗議的布農族人以「戰歌」表達心中的憤怒,並在女巫的帶領下,舉行詛咒敵人的儀式(中央社,2004)。曾文水庫越域引水工程計畫牽涉當地原住民的環境權、利益與環境風險分配的公平性、環境價值衝突、專業知識的政治(politics of expertise),以及決策與程序正義等諸多爭議。