漢高祖劉邦滅秦後，以其地處嶺外，故採安撫政策，特命陸賈出使，撫慰趙佗，封之為南越王。高祖卒，趙佗復立；漢廷多次征伐無功。文帝時，遺使賞賜慰勉，趙佗始去帝號，臣服漢室。其後，趙佗卒，其臣呂嘉殺漢使獨立；武帝元鼎六年（西元前一一一年），命伏波將軍路博德伐越，陷廣州，呂嘉與南越王亡命出海，南越亡，其地遂歸漢室統治。漢廷以其地置南海、蒼梧、鬱林、合浦、交趾、九真、日南、珠崖及儋耳九郡；其南海郡則轄管番禺、博羅、中宿、龍川、四會及揭陽六縣。九龍地區則屬南海郡博羅縣管轄。東漢及三國時仍之。

四、兩晉及南北朝

西晉沿漢制，九龍仍屬南海郡博羅縣治，番禺鹽官仍駐相鄰之南頭。東晉成帝咸和六年（西元三三一年），於南海郡東南部，置東莞郡，以前番禺鹽官改稱之司鹽都尉首任東莞太守，領寶安、安懷、興寧、海豐、海安及欣樂等六縣，東莞郡治與寶安縣治並在南頭。其時，九龍地域則隸東莞郡寶安縣。宋、齊、梁、陳四代仍沿是制。

隋廢東莞郡，劃其地入南海郡，寶安縣地遂改隸廣州府南海郡。時九龍仍歸寶安縣管理。

五、唐宋元明四朝

唐初沿隋制，至蕭宗至德二年（西元七五七年），以廣州府領南海、番禺、增城、四會、化蒙、懷集、東莞、清遠、洊水及湞陽等十縣；前寶安縣改為東莞縣，縣治自南頭移至到涌。是時，九龍則隸廣州府東莞縣。五代、宋、元及明初各朝仍之。

明神宗萬曆元年（西元一五七三年），廣東巡海道副使劉穩徇南頭鄉民吳作祚等之請求，以九龍及其鄰近地區離東莞縣治較遠，管理困難，且常受倭寇及海盜侵擾，因轉詳粵督，奏准另設縣治，以便管理。明廷核准其議，於東莞縣南部濱海地域，設一新縣，以舊有新安營參將駐守，故名之為新安縣，縣治為南頭。自此，九龍地域改屬新安縣管轄。