南海爭端第二階段期間，台灣幾乎成為了局外人，但也在某種程度上被迫與時俱進。對此，台灣先於 1992 年 8 月由行政院核定通過《南海小組設置要點》，以成立跨部門的南海小組，專責研議南海有關事項。同年 12 月，南海小組第一次會議召開期間，決議研究《南海政策綱領》及《南海政策綱領實施綱要分辦表》。1993 年 4 月，行政院通過《南海政策綱領》，作為台灣南海政策執行上的最高指導方針。《南海政策綱領》列出五項目標，分別為：1. 堅定維護南海主權；2. 加強南海開發管理；3. 積極促進南海合作；4. 和平處理南海爭端；5. 維護南海生態環境。《南海政策綱領》並設計由各部會執行下列工作：調查、登錄各島礁；保護漁業與航行；安全發展航運；建立衛星通訊設施與航行援助；興建機場及碼頭設施；改善醫療設備；設置環境資料庫；實行環保措施；收集可用資源之資訊；擬定發展計劃；研究有關南海政治及法律問題。其中，南沙太平島建跑道、機場的提議一直未能付諸實踐。1995 年 6 月，因為該年 2 月發生美濟礁區域緊張衝突情勢，經檢討「保七南巡事件」，7 決議強化南海小組功能，因此，行政院核定《南海突發事件緊急處理小組作業要點》。次年 4 月，台灣行政院進一步核定修正《南海問題討論會議結論分辦表》。1990 年代初期，李登輝總統曾提議，亞太國家共同參與亞洲集體安全體系；建議包括：成立集體安全基金、進行區域武力裁減及共同開發天然資源，以避免領土爭議所引發的軍事衝突。