序章
NieR：Automata　長話
 
西曆五○一二年。來自外太空的外星人開始侵略地球。人類文明在外星人的兵器「機械生物」手下滅亡。倖存者前往月球尋求生路。
 
西曆五二○四年。設置在衛星軌道上的十二座基地派出人造人展開反攻。光是這一年就執行了十餘次的大規模空降作戰，不過並未對以量取勝的機械生物造成決定性的打擊。
 
在此之後，戰況陷入長達數千年的膠著狀態。為了打破現狀，人類軍著手研究、開發寄葉型人造人。他們用試作機不斷實驗，終於製造出最初的寄葉型機體。時間為西曆一一九三七年八月。從開始開發新兵器的時候算起，已經有百年多的時光流逝而去。
 
西曆一一九四○年十二月。十三號衛星軌道基地「地堡」啟用。隔年十二月，十六架新型實驗機組成的寄葉部隊執行「空降珍珠港作戰」，最後卻失去十五架。剩下的攻擊型二號也選擇逃亡。儘管成功破壞了卡阿拉峰山的敵軍伺服器，十六架寄葉型卻無人回歸。
 
西曆一一九四五年三月。寄葉部隊執行「第２４３次空降作戰」。隊長機一號Ｄ型、二號Ｂ型、四號Ｂ型、七號Ｅ型、十一號Ｂ型、十二號Ｈ型共六架，搭乘飛行裝置試圖降落到地面，以破壞工廠廢墟的超大型機械生物，機械生物的應對速度卻超出制定作戰計畫時的預測，剛突入大氣層就有四架嚴重受損，一架下落不明。僅有唯一的倖存機體二號Ｂ型（此後以２Ｂ代稱）與事先至當地勘查的九號Ｓ型（此後以９Ｓ代稱）會合，繼續執行任務。
 
２Ｂ、９Ｓ進入化為機械生物製造工廠的工廠廢墟探索，發現超大型兵器。該兵器導致９Ｓ受損。２Ｂ得到９Ｓ飛行裝置的控制權，將其擊破。緊接著，兩人被數臺同規模的兵器包圍，放棄向司令部請求支援，利用黑盒反應自爆，殲滅數臺超大型兵器。
 
２Ｂ、９Ｓ的義體，以及隨行支援裝置˙輔助機０４２三臺、１５３三臺，於爆炸中消失。
 
由於全機同時遭到破壞，地堡無法及時提供隨行支援裝置的後繼機與寫入程式，當下只有一臺輔助機可供使用。這會對作戰行動造成嚴重的負面影響，因此建議今後從事該行為前必須盡快上傳輔助機程式至地堡，並將其記錄為注意事項。