胃和小腸——一灘酸水和一桶醱酵液
 
胃、小腸、大腸是消化道的三大部位，各自具有獨特的環境。每個部位在消化食物的過程中各有自己的角色扮演，每個部位也都有屬於自己的微生物農場。
 
每天，我們的胃裡上演一齣齣細菌大屠殺的戲碼。細菌在強酸的環境中飽受翻攪與打滾之苦，僅少數細菌耐得了這種折磨。胃液中的強酸是要讓存在食物與飲水中的病菌無法進入小腸和大腸，因為闖入腸道中的病菌就有機會侵入體內的組織。通常，我們得吃進十分大量的細菌，才有機會讓少數的存活者在體內造成疾病。
 
對細菌而言，小腸彷彿是從致命的戰場（胃）通往和樂的烏托邦（大腸）必經的一段險惡橋樑。一旦來到小腸，細菌必須能夠承受膽汁的蹂躪，膽汁的作用有如清潔劑，可以將細菌撕裂粉碎。細菌在黏稠的汁液中，有如浸泡在嫩肉精裡，充分的扭曲瓦解。僅有躲在菌群最內部的細菌，因為遠離膽汁的侵襲而逃過一劫，順利的進入較沒有毒性的大腸世界。
 
微生物大都會
 
大腸（或稱結腸）是微生物群居的大都會，至少有500到600種不同的細菌定居於此，構成人體正常菌群的一部分。我們出生後的幾個小時內，這些細菌就開始聚集在大腸中，隨著我們所吃的東西不同，菌群的成員種類也會變化及增加。這些益菌能供應我們維生素，例如維生素K、維生素B12、維生素B1、維生素B2等，讓我們吸收利用。這些益菌在大腸中自成一個高度競爭與封閉的社群，對那些闖入此地的病菌來說，想要在此立足，還需經過一番高難度的挑戰呢。
 
整個大腸就像一個大型醱酵桶，裡面充滿各式各樣的菌群。老實說，我們的糞便幾乎有一半都是細菌構成的。從人類誕生的第一天開始，這些細菌就馬不停蹄的為自己的生活忙碌，致力於分解腸道中尚未完全消化的食物。小腸消化的終產物在細菌的努力下，進一步轉化成更小的分子，既可自給自足，還可分我們一杯羹。
 
就拿我們吃的玉米來說，玉米裡面含有很多小腸無法消化的纖維素。但大腸內有一群細菌可以製造酵素，將纖維素分解成更小的化合物，包括葡萄糖，這是其他同居的菌群和我們都可以利用的東西。