如果我們進一步考察，就會發現，雖然隋煬帝為追求舒適、奢侈，他的旅程有著更重要的目的。跡象表明，他為了更野心勃勃的計畫，企圖把長江下游一帶的人力和物力組織起來。而這一帶土地是隋朝新近征服的，幾個世紀以來，這一帶居民生活在獨立的南方朝廷統治之下。我們可以理解，他們對興起於北方的新的中央政府抱著懷疑的眼光。在605年下江南之前，隋煬帝就宣稱：「關河重阻，無由自達。朕故建立東京，……今將巡歷淮海，觀省風俗，眷求讜言。」

有人或許會認為，這些話聽起來是在唱高調，不應該承認其字面意義。但是在另一方面，我們應該注意到這個宣言與隋朝中發生的其他歷史事件非常吻合。正如前面所指出，華北地區的運河於608年開鑿而成。接著在610年，編年史就特別提到，隋煬帝舉行了一次宴會，招待來自淮河地區和長江地區的年長者，授予他們榮譽，贈送他們禮物。與此同時，由於揚州因地處大運河和長江之間中間運河匯合地段上，隋煬帝將揚州太守（the magistrate）的官品提高到同京兆尹（the magistrate of the imperial capital）一樣的品級。在611年，由於要對高麗用兵，軍隊在今天河北省進行軍事集結。這些士兵中，有相當的部分來自淮河地區和長江地區。一支擁有船隻排列起來好幾百里（1里大約等於0.35英里），裝滿軍糧的水師，駛越渤海。當進攻戰爭於次年爆發，武裝起來的士兵總數達到1,133,800人，後勤物資供應數是該數的兩倍。雖然我們無法弄清戰爭期間是怎樣利用新近開鑿成的運河來運送士兵和物資。但是，如果這些水路所起的作用並不具有非常重要的意義，是難以令人想像的。顯然，從一開始，大運河就為維繫中國的統一和徵集軍事資源這一重大目的而服務。

十分清楚的是，隋煬帝開鑿一系列運河對後代的皇帝來說是一種無價遺產。在唐朝統治時期（618-907），杜佑指出：「自是，天下利於轉輸。」在宋朝時期（960-1279），盧襄補充說：「今則每歲漕上給于京師者，數千百艘，舳艫相銜，朝暮不絕。蓋有害於一時，而利於千百載之下者。天以隋為吾宋王業之資也。」

全漢昇在其大作《唐宋帝國與運河》中闡述了相同的觀點。在其著作中，不但提示了一套經濟數據，而且摘錄了一些歷史記載，以證明在唐宋時期長江下游已經發展成為中國經濟最發達的地區。中央政府是否能成功地統治全國，依賴於能否有效地利用長江下游的資源，並將物資迅速的通過運河運輸到首都通常所在的北方。他甚至進一步認為，在唐宋時期的七百多年裡，不僅王朝的興衰，而且地方勢力的暫時高漲和中央政府的暫時軟弱，都能夠反映運河的實際情況。許多可以說明真實情況的歷史事件，證明他的觀點是正確的。杜希德（D.C Twitchett）所持觀點與此類似。在他的《唐朝的財政金融管理制度》一書中，有一章專門討論中國歷朝首都和長江之間的水路運輸。其中清楚地表明運河對於中國經濟發展來說具有非常重要的地位。

上述情況在蒙古人征服了全中國並將北京定為中央政府所在地之後就沒有多大改變。國家持續依靠長江下游的供應；只不過是運輸支線此時往北進一步延伸。隋煬帝所開鑿的北方運河，實際上未能維持幾個世紀，到元朝統治時期，不知能否使用。即使是淮河和長江之間的河段，由於完全被忽視，致使河床上房屋林立，長滿麥子。是故，征服者不得不致力於重頭開鑿運河。

蒙古人對重鑿大運河的興趣亦極為濃厚。建立一條連接華北和江南的運河幹線的打算，一直吸引著中央朝廷的注意。忽必烈於1279年成為全中國的皇帝。4年後，他就下令在山東半島上開鑿一段運河。在1289年，臨清和東平之間的濟州河開挖。此段運河對直穿越一系列已有自然河流和人工水道，從而使北京到江南的直接旅行成為可能。這條主幹線形成以後，就未發生太大的變化，成為目前大運河的基礎。

忽必烈所開挖的濟州河（它是大運河最後開鑿的一段）雖然不過250里長，它的開鑿涉及極大的工程困難。地形起伏使得必須在運河上安裝閘門。水源供應問題似乎也是難以克服的。但是，儘管存在這些困難，第一階段的開鑿迅速地開始。在投入2,510,748個人工作日、開挖6個月後，地面基礎工程完成了。但煞費苦心的改進接踵而來。到1325年，或者說在36年之後，整個濟州河開鑿工程才得以完成。在1296年、1299年、1302年、1321年和1391年，安裝了許多閘門。