問題是，另一方面，副交感神經也會產生抑制的作用，例如讓心臟收縮的功能減低。還有，副交感神經也能讓支氣管收縮、通氣的氣道變窄。因此，對那些患有哮喘（氣喘）、呼吸困難等呼吸器官疾病的人而言，副交感神經的作用如果增強，只會讓病情更加嚴重。因此，對哮喘病人而言，有時需要採取抑制副交感神經的治療方式。
 
再者，由薦脊髓伸出的副交感神經，一方面可以促進大腸的蠕動，排便時還可以緩和肛門周圍的括約肌、加強膀胱收縮以促進排尿等，在促進排泄上發揮重要的作用。還有，副交感神經對生殖系統或調節性機能也能發揮重要的作用。
 
調節一般的血管收縮和控制血流，都是由交感神經負責。但是也有例外，像腦、心臟、性器官（勃起組織）、消化道的分泌腺等細小的動脈，則是由腦與薦脊髓伸出的副交感神經負責調節。這類的副交感神經與其他的副交感神經具有不同的性質。透過後面章節提到的呼吸方法，就能夠體驗到，腦部血流因副交感神經的刺激而增加的情況。
 
好的壓力與壞的壓力
壓力與自律神經的關係
 
影響自律神經的因素是什麼？最先想到的應該就是壓力（stress）吧！問題是，到底壓力如何影響自律神經呢？不知道答案的人，出乎意料的多。
 
其實我們現在講的「壓力」這個辭彙，應該是指「會帶給人壓力的東西」，也就是「因為外來的影響，在身體內部引起的狀態」。本來「會帶給人壓力的東西」，指的是「壓力源」（stressor），與「因為外來的影響，在身體內部引起的狀態」所指的「壓力狀態」應該有所區別，但是社會上幾乎都一概使用壓力這個字。這也是偶爾會產生誤解的原因。
 
總之，大家不就是因此才會只對壓力抱持不好的印象嗎？事實上壓力可以分為四種情況：「好的壓力」、「壞的壓力」、「多的壓力」、「少的壓力」。例如教育或重力，對人類而言都是壓力源，但也因為有它們，人類可以從事有利生存的學習以及人的身體不用飄浮在半空中，這些可以被視為好的壓力。大家也都有這樣的經驗，人多少要承受一些困難和壓力才會成長。那麼壓力又如何影響自律神經呢？
 
人在突然遭受壓力時，負責保護身體的防禦機關就會產生反應，交感神經會率先出來工作。但是壓力如果持續出現，接下來為了對抗交感神經的緊張，副交感神經的作用也會更活絡。