R包開發

中文版推薦序一 xi
中文版推薦序二　xiii
譯者序　xv
前言　xvii
第一部分　入門
第1　章 簡介　2
1.1　開發理念　3
1.2　入門　3
1.3　約定　4
1.4　版本記錄　5
第2　章 包的結構　6
2.1　給包命名　6
2.1.1　命名的要求　6
2.1.2　命名的策略　6
2.2　創建一個包　7
2.3　RStudio 項目　9
2.4　什麼是包　12
2.4.1　源碼包　12
2.4.2　壓縮包　12
2.4.3　二進制包　13
2.4.4　已安裝的包　15
2.4.5　內存中的包　15
2.5　什麼是庫　16
第二部分　包的組件
第3　章 R 代碼　20
3.1　R 代碼的工作流程　20
3.2　組織函數　21
3.3　代碼風格　21
3.3.1　對象名稱　22
3.3.2　空格　23
3.3.3　花括號　24
3.3.4　行的長度　24
3.3.5　縮進　24
3.3.6　賦值表達式　25
3.3.7　注釋指南　25
3.4　頂層代碼　26
3.4.1　加載代碼　26
3.4.2　R 運行環境　27
3.4.3　何時需要副作用　28
3.4.4　S4 類、泛型和方法　29
3.5　CRAN 注記　29
第4　章 包的元數據　31
4.1　依賴：包需要什麼　32
4.1.1　版本　33
4.1.2　其他依賴　34
4.2　標題和描述：包是做什麼的　34
4.3　作者：你是誰　36
4.4　許可證：誰能使用包　37
4.5　版本　38
4.6　其他域　39
第5　章 對象文檔　40
5.1　文檔工作流程　41
5.2　另一個文檔工作流程　42
5.3　roxygen 注釋　43
5.4　函數文檔　45
5.5　數據集文檔　47
5.6　包文檔　47
5.7　類、泛型和方法的文檔　47
5.7.1　S3　47
5.7.2　S4　48
5.7.3　RC　49
5.8　特殊字符　49
5.9　不要重復自己　50
5.9.1　從其他函數繼承參數　50
5.9.2　在同一文件中為多個函數提供文檔　51
5.10　文本格式參考　52
5.10.1　字符格式　52
5.10.2　鏈接　52
5.10.3　列表　52
5.10.4　數學符號　53
5.10.5　表　53
第6　章 使用指南：長篇文檔　54
6.1　使用指南工作流程　55
6.2　元數據　56
6.3　Markdown　56
6.3.1　章節　57
6.3.2　列表　57
6.3.3　內聯格式　58
6.3.4　表格　58
6.3.5　代碼　59
6.4　knitr　59
6.5　開發周期　62
6.6　寫使用指南的建議　62
6.7　CRAN 注記　63
6.8　下一步　63
第7　章 測試　65
7.1　測試工作流程　66
7.2　測試結構　67
7.3　編寫測試　70
7.3.1　測試什麼　71
7.3.2　跳過測試　71
7.3.3　建立自己的測試工具　72
7.4　測試文件　73
7.5　CRAN 注記　74
第8　章 命名空間　75
8.1　動機　75
8.2　搜索路徑　76
8.3　命名空間　78
8.4　工作流程　79
8.5　導出　80
8.5.1　S3　81
8.5.2　S4　81
8.5.3　RC　82
8.5.4　數據　82
8.6　導入　82
8.6.1　R 函數　82
8.6.2　S3　83
8.6.3　S4　83
8.6.4　編譯過的函數　83
第9　章 外部數據　84
9.1　導出的數據　84
9.2　內部數據　86
9.3　原始數據　87
9.4　其他數據　87
9.5　CRAN 注記　87
第10　章 編譯過的代碼　88
10.1　C++　88
10.1.1　工作流程　89
10.1.2　文檔　90
10.1.3　導出C++ 代碼　91
10.1.4　導入C++ 代碼　91
10.1.5　最佳實踐　91
10.2　C　92
10.2.1　.Call() 入門　92
10.2.2　.C() 入門　94
10.2.3　工作流程　95
10.2.4　導出C 代碼　95
10.2.5　導入C 代碼　96
10.2.6　最佳實踐　97
10.3　調試編譯過的代碼　97
10.4　makefile　99
10.5　其他語言　100
10.6　許可　100
10.7　開發工作流程　100
10.8　CRAN 的問題　101
第11　章 安裝文件　102
11.1　包引用　103
11.2　其他語言　104
第12　章 其他組成部分　105
第三部分　最佳實踐
第13　章 Git 和GitHub　108
13.1　RStudio、Git 和GitHub　109
13.2　初始設置　110
13.3　創建本地的Git 倉庫　111
13.4　查看改變　113
13.5　記錄改變　114
13.6　提交的最佳實踐　117
13.7　忽略文件　118
13.8　撤銷一個錯誤　118
13.9　與GitHub 同步　120
13.10　使用GitHub 的好處　121
13.11　與他人合作　122
13.12　問題　124
13.13　分支　124
13.14　創建拉請求　125
13.15　向另一個倉庫提交拉請求　127
13.16　審查和接受請求　129
13.17　更多內容　129
第14　章 自動檢查　131
14.1　工作流程　131
14.2　檢查　132
14.2.1　檢查元數據　132
14.2.2　包的結構　133
14.2.3　描述　134
14.2.4　命名空間　136
14.2.5　代碼　136
14.2.6　數據　138
14.2.7　文檔　139
14.2.8　演示　140
14.2.9　編譯過的代碼　140
14.2.10　測試　141
14.2.11　使用指南　141
14.3　使用Travis 進行每次提交后的檢查　143
14.3.1　基本配置　143
14.3.2　其他用途　144
第15　章 發布包　145
15.1　版本號　145
15.2　向后兼容　146
15.3　提交過程　148
15.3.1　測試環境　149
15.3.2　檢查結果　150
15.3.3　反向依賴　150
15.4　CRAN 的政策　151
15.5　重要文件　152
15.5.1　README.md　152
15.5.2　README.Rmd　152
15.5.3　NEWS.md　153
15.6　發布　154
15.6.1　關於提交失敗　154
15.6.2　二進制包編譯　155
15.7　准備下一個版本　156
15.8　宣傳包　156
15.9　祝賀你　157