更糟糕的事情還在後面：宗教狂熱開始感染帕斯卡的家庭。在當時名目繁多的教派中，一個稱為詹森派，由荷蘭神學家科爾內留斯．詹森所創。詹森派既不屬於天主教，也不是新教，偏激狂熱，蔑視意志自由，鼓吹神力不可反抗。信徒們為了表示忠誠，要用各種方式虐待和折磨自己。十分不幸，好端端的帕斯卡竟然迷上這古怪離奇的教派。雖然原因是多方面的，但是他的體弱多病無疑是最主要原因。限於當時的醫學水準，醫生們開出的各種處方解除不了帕斯卡的病痛，他只好求助於神。宗教成為他擺脫疾病困擾的救命稻草。從23 歲起，帕斯卡從數學研究的高峰一步步陷進詹森派的深淵而不能自拔。這位數學史上罕見的天才，在他短促的生命歷程中，從此遭受著病魔與宗教狂的雙重折磨。
 
但是天才的火花並未熄滅，帕斯卡對物理學作出重大貢獻。他對重力和密閉液體壓強的傳遞等進行一系列重要試驗，發現著名液壓傳遞的帕斯卡定律。義大利物理學家托里拆利做了一個著名實驗，測定一個標準大氣壓的水銀柱高度為760 毫米。帕斯卡進一步延伸，建議姐夫彼埃爾帶著氣壓計到家鄉附近多姆山上去測量大氣壓強。帕斯卡認為，由於高度升高，氣壓減小，水銀柱的高度應該隨之下降。後來，帕斯卡和妹妹傑克琳在返回巴黎的時候也進行同樣的實驗。
 
這時候父親已經退休，不久，帕斯卡與傑克琳來巴黎與他同住。有一次，浪跡四方的笛卡兒來帕斯卡家訪問。笛卡兒當時是享譽全球的大學者；帕斯卡比他年輕近30 歲，但是在科學界也已經嶄露頭角，蜚聲遐邇。他們兩人從數學、物理、文學，一直討論到哲學。臨別之時，笛卡兒還真摯地給這位年輕朋友提出不少忠告。他建議帕斯卡學他的樣子，每天躺到上午11 點鐘起床；對於經常給帕斯卡帶來煩惱的胃，笛卡兒建議他只喝肉湯，不要吃別的食物。
 
但是因為這些健身之道聽起來非常怪誕，所以帕斯卡並沒有重視。