從總督府的立場來看，如何一面維持與歐美列強的合作關係，同時收回列強在臺灣的權益，是重要的懸案事項。在經濟界，如同矢內原很早就指出的，三井物產、三井合名會社、大阪商船等在總督府的大力保護下，資本進入臺灣；日俄戰爭前後成功驅逐寶順洋行、三美路洋行、得忌利士汽船公司（Douglas Steamship）等外國資本。日俄戰爭勝利後，日本對歐美列強的發言權也提高，才正式開始整理權益，《私立學校規則》制定也是其中一環。但是，歐美資本在臺灣如果不賺錢就撤回分公司即可，而宣教師的教育事業則開始變成與當地人共同合作的事業，因此兩者有不同發展。
 
1906年6月，巴克禮為了對應新《私立學校規則》，向當局提出認可申請文件。從此申請書的附件資料，可以看到當時學校的狀況。
 
神學校以「臺南長老教會福音書院」這個名稱提出申請。教員有巴克禮、高金聲、森武敏三人，學校的目的是「專門養成基督教傳道師」。神學校畢業後，要擔任傳道師服務，屬於職業教育機關，因此不收學費，並發給宿舍費及餐費。
 
中學校則以「臺南長老教會高等學校」的名稱提出申請。其後就任校長的萬榮華回憶，在英國，比初等教育高的學校，一般稱為high school，因此翻譯成「高等學校」。宣教師會議的紀錄中，也經常混用middle school和high school，可知其使用「高等學校」一詞並不奇怪。這個名稱雖然一度被認可，但臺灣於1907年設立以在臺內地人為對象的中學校之後，總督府開始設計可以和日本內地學校體系整合、往上經高等學校，至帝國大學的路徑，因此又恢復中學校的名稱。這個時期，日本語或漢文的名稱表記很曖昧，「長老教中學校」或「長老教會中學校」混用之外，有時加上「臺南」，有時不加。此外，教會相關資料中，經常使用「新樓中學」一詞。這是由於行政統制沒有強到一定要統一學校名稱。