根據申請時的文件，修業年限為四年，入學資格為12歲以上，並未將公學校畢業列入入學條件。學費全免，食宿費用每年收28圓，貧困者可以減免為6圓。教員有廉德烈、森武敏、林燕臣、許凌雲、林茂生。林燕臣的兒子林茂生從在學時即擔任助教，畢業後成為正式教師。學科課程有聖經、漢文、修身、國語、英語、數學、地理、歷史、博物、生理、習字、體操、唱歌等。漢文有「臺語漢譯」，國語有「臺語日譯」、「日臺翻譯」，漢文、國語的課堂中，也會學習以教會白話字寫成的「臺語」—這裡指廈門地方通行的閩南語—之讀寫。歷史有「聖教歷史」，地理有「猶太地理」，看起來像普通科目的課程也有濃厚的宗教教育色彩。
 
後來林茂生曾經投稿〈本校創立四十週年回顧〉一文到臺南長老教中學的校友會雜誌。文中認為1906年在學校發展中有其重要性，他是這麼說的。
 
本校的第一期（1885-1905），是「傳統式宗教教育」時代。因為是神學生的預備教育，因此對信徒的子弟教授聖經、漢文、科學知識。例如「地球是圓的，所以從東往西前進，又可以從東邊回來」，是最早教這種「神奇知識」的學校，也是「將西洋文明輸入本島的先驅者」。學生畢業後，升學神學校，或是擔任新樓醫院或彰化醫院的助手，而成為醫師，「以西洋醫術為業，而成鉅富者不少。」與教會外的「外界」幾乎沒有來往，在清國政府時代，「與英國國旗同在治外法權」之下，即使到了「帝國政府時代」以來，總督府也幾乎沒有干涉。
 
本校第二期（1906-1915）以後，過去治外法權般的狀態，逐漸變得不可能，1906年得總督府正式認可，「打開政府交涉的開端」。但這個交涉大概只是每年做一次定期報告，或地方長官出席畢業典禮等，還只是形式上的監督。此時期信徒受到福州英華書院、廈門英華書院影響，要求設立「中西學」，提高長老教中學校的學科程度。他們不滿足於「純宗教教育」，而是希望雖仍有宗教課程，但原則上是高等普通教育（基督教主義式教育）。然而，「因為學校當局固持基於二十年來傳統精神的宗教教育主義，不容易聽進此等要求。」