而今日對付傳染病的重要武器─ 社交隔離、戴口罩、公衛管理等也在黑死病的時代誕生。十五世紀開始，廣泛且反覆流行的天花造成了約三億五千萬人死亡，大量美洲原住民染疫後使歐洲人成功殖民美洲。天花也促成了人類史上的第一種疫苗誕生：明清時期的中國，透過種人痘使人體獲得免疫力、十八世紀英國醫師則進一步改種牛痘減少不良反應。但強制接種也促使「反對接種牛痘者聯盟」成立，認為強制接種有害人權，開啟了反疫苗運動的先聲。十九世紀英國倫敦的霍亂，則帶來了第一波的衛生下水道革命，現在仍是開發中國家對抗傳染病的利器。
 
人類在一次次與傳染病鬥爭的過程中獲得了更多的工具與知識，也顯示了傳染病複雜地交織在政治和社會的脈絡中。是否能成功擊退傳染病，甚至會影響到政權的存續。疾病的治療是醫學，瘟疫的管控卻考驗了政府與社會間的信任與合作。本文試圖從國家治理的角度出發，思考在瘟疫蔓延之下，如何凸顯國家與社會的複雜脈絡中治理的缺失。
 
再次肆虐的傳染病：一九四六年臺灣衛生行政癱瘓
 
臺灣在日本時代時，建立起「隔離、消毒、預防接種」等基礎衛生觀念，公共衛生及環境清潔受重視，與衛生條件相關的霍亂及鼠疫受到很好的控制。然而，戰後國民政府接收臺灣，由於生活環境惡化，加上很多傳染病自中國傳入臺灣，已控制住的狂犬病、鼠疫及霍亂又開始猖獗，甚至天花都發生大流行。一九四六年至一九四七年天花更達五千個病例，死亡率也高達三成。嘉義布袋因霍亂而遭政府封城，在沒有任何醫療照護的狀況下，死亡率逼近六成。
 
柯喬治（George H. Kerr）所著的《被出賣的台灣》一書即指出，瘟疫的橫行、與瘟疫防治中官員的腐敗也是二二八事件的遠因之一。時任衛生局局長的經利彬向聯合國善後救濟總署領取了抵抗瘧疾的「抗瘧劑」，結果卻在事後阻止公單位發放抗瘧疾藥片，因為他已成立私人公司來販賣類似藥劑以從中獲利。